17世纪。准噶尔（蒙古的一支）叛乱。并攻打外蒙古。1697年。清军击败了准噶尔。控制了新疆东部。雍正皇帝时。贵州东南部新辟疆土亦称新疆。当时。西域新疆和云南、四川、贵州等地新纳入清王朝统治之下的地域。统称“新疆六厅”。
1884年（光绪十年）。清政府发布新疆建省上谕。设立新疆省。由巡抚统管全疆各项军政事务。在新疆实行与中国内地一样的行政制度。刘锦棠被任命为首任新疆巡抚。新疆政治中心由伊犁移至迪化（今乌鲁木齐）。
1892年。俄国强占了中国清朝新疆西南萨雷阔勒岭以西2万多平方公里的领土（见沙俄侵占帕米尔事件）。清朝对新疆的经营。无论是规模和范围皆远胜从前历代。社会经济得到前所未有的进步和发展。至1909年（宣统元年）。新疆省下辖4道。道以下共隶有6府、10厅、3州、21个县或分县。
