1、定义不同
杂交是通过不同基因型的个体之间的交配而取得某些双亲基因重新组合的个体的办法，通过生殖细胞相互融会而到达这一目标进程称为杂交。
转基因技巧是将DNA的片断转入特定生物中，与其本身的基因组进行重组，再从重组体中进行数代的人工选育，从而获得具有稳固表示特定的遗传性状的个体。
2、滋生办法不同
杂交是通过有性滋生育种，而转基因是通过基因转移嫁接育种。
3、父本、母本不同
杂交是选择两种亲缘关系近的植物或动物进行杂交，逐代筛选综合了父本、母本优秀性状的后代，不会脱离其本身所属种类。而转基因的基因片断可以是从特定生物体基因组中提取的，也可以是人工合成指定序列的DNA的片断，所以转基因技巧可以发明出新物种。
4、成果不同
杂交在育种进程中成果是未知的，只有成果出来才知道是遗传了上一代的优秀基因还是劣质基因，而转基因是人为挑选的基因序列进行育种，成果是可知的。
