朱熹，字元晦，一字仲晦，祖籍徽州婺源（今江西省上饶市婺源县）。他的先祖朱师古在唐朝末年躲避战乱从吴郡（今苏州）迁居到了徽州歙县篁墩村，次子朱环又迁居婺源朱家庄（今熹园）。
朱熹的家族是儒学世家，祖父朱森、父亲朱松，皆为经世大儒。朱熹的外祖父祝确是徽州富商，笃信佛法，有一独女，名祝五娘，嫁与朱松，生了两个儿子，皆夭折，又生了三个女儿。
朱松曾任尤溪（今福建尤溪）县尉，因金人南下，于建炎四年（1130年）举家迁居尤溪。同年九月十五午时，朱松的妻子祝五娘在尤溪县城水南郑义斋馆舍（今南溪书院）生下了朱熹。
朱熹出生时，房屋前后的两座山上同时起了大火，因此他父亲给他取名为“熹”，意为“喜火”。他的相貌也非常奇特，右眼角旁长有七颗黑痣，宛若北斗七星。
朱熹从小就想象力丰富，四岁时，他的父亲教他认物，指天说：“天也。”朱熹问：“天上是什么？”朱熹的父亲不像别的父亲表现出不耐烦，而是给予鼓励，他说：“这个父亲也不知道，有待于你以后去解答。”
有一次，朱熹和小朋友们在沙滩上玩耍，他独自在沙滩上作画，画完后，小朋友们都来观赏，看他画的这些道道不知是什么。朱熹说：“这是八卦。”这一幕被他父亲看在眼里，心里感觉这个孩子不简单。
朱熹从小就立志作圣人，十岁时读《孝经》，在书额题字自勉：“若不如此，便不成人。”读到《孟子》：“至圣与我同类。”更是手舞足蹈，喜不可言。
朱熹十三岁的时候，他的父亲病逝。把他托付给了好友刘子羽，并让朱熹认其为义父。又写信给刘子翚、刘勉之、胡宪三位学问深厚的朋友教育朱熹。
刘子羽视朱熹为己出，在自己老家建州崇安（今福建武夷山市）武夫里府前村的舍旁为朱熹一家修建了房舍安顿下来，取名紫阳楼，朱熹的号“紫阳先生”就来自于此。
屋前有半亩方塘，在这里他写下了那首著名的诗《观书有感》：“半亩方塘一鉴开，天光云影共徘徊。问渠那得清如许？为有源头活水来。”
朱熹十八岁时在乡试考取贡生，十九岁时，绍兴十八年（1148年）正月，他的老师刘勉之看到他聪明过人，十分笃学，于是将自己的女儿刘清四嫁给了他。
同年三月，朱熹告别新婚燕尔的妻子，进京赶考，中王佐榜第五甲第九十名，赐同进士出身。朱熹与妻子相濡以沫，相敬如宾，先后育有三男五女。
二十二岁时，朱熹被授予同安县（今福建省厦门市同安区）主簿，任职三年。
刚做官的朱熹血气方刚，对同安县的不良社会风气作了大刀阔斧的改革。朱熹在为官期间，看透了官场的作为，厌恶官场的丑恶，毅然辞官不作。而后，拜二程夫子传人，理学大师李桐为师，奠定了他理学思想的基础。
朱熹三十九岁时，母亲祝氏去世，他在守墓时，潜心研学、著述。朱熹一生著作颇丰，多达两千多万字，主要有《四书章句集注》、《周易本义》、《楚辞集注》、《近思录》、《家礼》等。
宋孝宗继位后，力图扭转朝堂风气，广开言路。四十三岁的朱熹上书皇帝要亲贤臣远小人；推广格物致知之学，罢黜佛老异端；反对议和，力主抗金。但是未被采纳。虽然宋孝宗没采纳他的意见，但是欣赏他的学识，任命他为国子监武学博士，朱熹坚辞不就。
淳熙二年（1175年）夏，朱熹与心学大师陆九渊在信州（今江西上饶）鹅湖寺因思想的不同而进行了激烈的辩论，史称“鹅湖之会”。二人谁也没有辩过谁，不欢而散，但并未有老死不相往来。此后二人检讨了自己的不足，并努力学习对方的长处。
朱熹四十七岁时，陪伴了她二十八年的妻子因病去世。朱熹悲痛万分，于第二年，为妻子唐石里（今福建省南平市建阳区黄坑）后塘大林谷，并发誓：“生不同时，死同穴”，此后，朱熹再也未娶。
四十九岁时，被宋孝宗任命为知南康军，临行前，他特意去祭奠了妻子。刚一到任就发生了大旱。于是他着手兴修水利，安顿灾民，并上书免除了灾民的钱粮。
在任期间修复了久复盛名白鹿洞书院，并制定了《白鹿洞书院揭示》，是中国历史上第一个提出书院教育的目的和培养人才目标的教育章程。朱熹在职其间，看到贪污腐败横行，他也无能为力，于是又请辞，但是宋孝宗不同意，只好被迫接受。
朱熹丰富和发展了二程（即程颐、程颢）夫子的理学思想，因此世人又称理学为“程朱理学”。
他认为理是万物的本源，气是万物的材料。理超然于宇宙之上，广大无边，在人世的具体表现就是“仁、义、礼、智、信”，是永恒不变的。而朱熹的思想争议最大的是他提出的“存天理，去人欲。”
其实朱熹有解释：“饮食，天理也，山珍海味，人欲也；夫妻，天理也，三妻四妾，人欲也。”其实这里的人欲指的是过度的欲望。另外，朱熹从来不反对寡妇改嫁，他任地方官时，明确规定，寡妇可以改嫁。
朱熹对自然科学也颇有研究，小时候就烦恼天地四方之外还有何物，常读张衡的《灵宪》和沈括的《梦溪笔谈》。比如当时许多人都认为日月食是因为天狗把太阳、月亮吃了，而朱熹则认为是有一物把日月光给挡住了。
朱熹登山时看到海洋生物的化石，他就断定，高山曾经是大海，大地是运动变化的。他有许多超前的科学认识，比西方都早几百年。朱熹认为，对宇宙万事万物都值得研究。
晚年的朱熹陷入党争，宋宁宗继位后，任命赵汝愚为右丞相，和时任枢密都程旨的韩侂胄素来不和。于是韩侂胄弹劾赵汝愚，致使赵汝愚被贬，不久暴亡。
由于赵汝愚支持理学，韩侂胄对理学进行全面清算，斥之为“伪学”，罗列了理学门人五十九人为逆党，并禁止科举考试出现理学内容。
监察御使沈继祖更是列出理学魁首朱熹十大罪状，什么勾引尼姑为妾，给儿媳妇肚子搞大等，这朱熹简直就是表里不一，说一套做一套的人。朱熹竟然都承认了，说：“我猜你们都是细心考证的，那就是了。”朱熹为什么不抗争，这也是一个千古未解之谜。于是宋孝宗将朱熹贬官，罚没俸禄。
朱熹被贬官后，隐居在建阳考亭（今福建建阳考亭村）。此时的朱熹身患重病，右眼近乎失明，左眼已经失明，就在这种情况下，仍笔耕不辍，仿佛精力更加旺盛。
庆元六年（1200年）三月初六，朱熹修改了《大学•诚意章》和《楚辞集注》中的一段，这是他人生最后一次动笔。三月初九午时初刻，朱熹端坐了起来，感觉头巾有点歪，于是他整理一下头巾，就在这时，他双手一垂，停止了呼吸，走完了他七十一年的人生。
十一月廿一，朱熹归葬于唐石里后塘大林谷，与二十四年前先葬于此的发妻永远相伴。这一天，前来送葬的队伍达上千人，朝庭禁止也是束手无策。
这其中就包括朱熹政敌韩侂胄的学生辛弃疾，并留下了千古悼亡诗：“所不朽者，垂万世名。孰谓公死，凛凛犹生！”
朱熹去世六年后，得到平冤昭雪，追谥为“文”，世称“朱文公”，后又被追封为信国公和徽国公。淳佑元年，宋理宗下诏，朱熹从祀孔庙。
宋度宗时，朱熹和弟子的对话《朱子语类》得以出版。元明清三代朱熹的学说成为官方学问，《四书章句集注》成为科举必考内容。
清康熙五十一年，朱熹上升到儒家最高殿堂——孔庙大成殿，成为十哲之次，也就是第十一哲，乾隆时期，增加有若，朱熹为第十二哲。十二哲之中，只有朱熹不是孔子亲传弟子。孔子和朱熹，相隔一千六百年的两个人物，走到了一起。
