1、科属差别。龙眼为植物界、被子植物门、双子叶植物纲、无患子目、无患子科、龙眼属常绿大乔木，重要散布于广西、广东、福建和台湾等地。荔枝为植物界、被子植物门、双子叶植物纲、无患子目、无患子科、荔枝属常绿乔木，产于中国南部、西南部和东南部，以广东、广西和福建南部（厦门、漳州、泉州地域）栽培最盛。
2、外观差别。龙眼：皮黄色或者褐黄色的皮，比拟光滑，一般比拟小，如硬币一样，有点像小球，肉质是半透明的，晒干了略带药味，果核为圆球状。荔枝：皮成绿色或者红色，皮上有小疙瘩。比桂圆大一点，像乒乓球一般大小，肉质是白色的，果核一般是椭圆，或者是鸡心的形状。
